Viljandi Jaani kirik rajati XV sajandi keskel Püha Franciscuse ehk frantsisklaste ordu kloostrikirikuna väikese kiriku või kabeli asemele. Kabeli kooriruumi kaarjas osa on nüüdseks renoveeritud ja nähtav praeguse kiriku alatariruumi aluses krüptis.

Frantsisklaste ordu ideaalid olid kasinus ja lihtsus ning seetõttu on ka kirik rajatud tagasihoidlikuna, ilma võlvide ja kaunistusteta.

Kiriku põhjamüüriga oli kokku ehitatud klooster.

Frantsisklaste kloostri sajandipikkuse rahumeelse tegevuse lõpetas reformatsiooni käigus usku vahetanud Viljandi komtuur Wilhelm von Fürstenberg ja mungad lahkusid koos kloostri varadega.

Vene-Liivi sõja käigus vallutasid venelased linna ning alistus ka Viljandi ordulinnus. Linnuse pealik Wilhelm von Fürstenberg viidi vangina Venemaale.

1582 Jam Zapolski vaherahu järel lahkusid venelased Viljandist ja linn läks katoliiklastest poolakate kätte. 1600-1624 oli Viljandi Poola-Rootsi vaheliste sõdade keerises ning lahingud muutsid linna rusuhunnikuks. Pärast rootslaste võitu alustati endise kloostrikiriku taastamist linnakoguduse tarbeks. Kirik pühitseti evangelist Johannesele.

Taas sai kirik kannatada Põhjasõjas, kui 18. sajandi alguses rüüstasid Vene väed Viljandit.

Eestimaa läks Vene riigi koosseisu ning algas kiriku taastamine. 18. sajandi teisel poolel sai kirik kõrge, vahegaleriiga barokse tornikiivri, mis 1811 põles ning asendati mõni aasta hiljem praeguse hilisbarokse tornikiivriga.

Jaani kirik, mis tegutses veel pärast II Maailmasõda, suleti 1952 nõukogude võimu poolt ja muudeti kaubalaoks. Kiriku varad ja sisustus päästeti hävingust ning jaotati mitme Eesti kiriku vahel.

1980. aastate algul alustati laguneva kirikuhoone rekonstrueerimist kontserdisaaliks, rajati keldrikorrus abiruumide tarvis, restaureeriti katus ja torn, paigaldati küte ja veevarustus. 1989 jätkati hoone taastamist kirikuks. Esimene jumalateenistus pärast 40-aastast vaheaega peeti Jaani kirikus 1991 jõululaupäeval. Taastatud kirik pühitseti evangelist Johannese päeval 27. detsembril 1992.

Kiriku kavandajad olid arhitekt Merle Kinks ja kunstiajaloolane Kaur Alttoa, sisekujundaja Ene Odraks, altari kavandi tegi Aivar Oja ja teostuse Saare Dolomiit. Ristimiskivi kinkisid Gildemanni meistrid Raplamaalt ning oreli (ehitatud Hamburgis 1965) Viljandi sõpruslinn Ahrensburg. Vitraa˛aknad on teinud Reneé Aua, vaibad “Taevaredel” ja “Ristivaip” kudus kunstiprofessor Anu Raud.

Praeguseks on rohkem kui 1700-liikmeline Viljandi Jaani kogudus kasvanud tegusaks, mitmekülgseks ja avatud linnakoguduseks. Jumalateenistuste ja kiriklike talituste kaudu on kogudus oma liikmete kõrval nii rõõmus kui mures, nii argi- kui pidupäeval.

Koguduses tegutseb kolm muusikakollektiivi (naisansambel „Iris“, segaansambel ja lasteansambel), peetakse seminare ning piibli- ja palveringe kristliku usu aluste ja Piibli tundmaõppimiseks ning rakendamiseks. Sügisest kevadeni toimub igal pühapäeval jumalateenistuse ajal lastekirik, 9-10 korda aastas peetakse peremissasid lastepärasema liturgia, lauluvaliku ja jutlusega. Traditsiooniks on saanud kevadsuvine perepäev ning jõulupüha peremissa koos näidendiga.

Sisukad ja osavõturohked on ka eakatele mõeldud ettevõtmised – eakate pärastlõunad iga kuu teisel teisipäeval, eakate jõulupidu ja suvine väljasõit. Kaks korda aastas (septembrist kuni detsembrini ja veebruarist maini) valmistutakse leerikoolis ristimiseks ja konfirmatsiooniks.

Kogudusetöö sisuliseks arendamiseks ning vabatahtlike süsteemsemaks kaasamiseks kogudusetöösse on moodustatud toimkonnad: jumalateenistuste toimkond, diakooniatöö toimkond, laste- ja peretöö toimkond, välissuhete toimkond, majandustoimkond. Meie visiooniks on kogudus kui perekond, mille igal liikmel on oma ülesanded ja kutsumus, aga ka vastutus oma koguduse käekäigu eest.

Jaani kirikus on aktiivne ja mitmekülgne kontserdielu. Meie headeks koostööpartneriteks on rahvusvaheliselt tuntud Viljandi Vanamuusikafestival, Viljandi Pärimusmuusika Festival, Viljandi Kitarrifestival, aga samuti kohalikud tegijad nagu Viljandi Kultuuriakadeemia, Viljandi Muusikakool, Viljandimaa kammerkoor jt.

Traditsiooniks on kujunenud frantsiskusepäeva konverents 4. oktoobril. Ettekannetes ja paneeldiskussioonil keskendutakse igal aastal konkreetsele teemale. Konverentsipäeva lõpetab muusikaline mõtisklus. Kaks aastat on kogudus korraldanud frantsiskusepäevale pühendatud laste ja noorte omaloominguliste laulude konkurssi PÄIKESELAUL, mis on inspireeritud Püha Franciscuse samanimelisest poeemist.

Kogudusel on tihedad ja head sõprussuhted Soome (Porvoo soome kogudus, Lahti Salpausselä kogudus), Norra (Sauheradi ja Nesi kogudus), Saksamaa (Greifswaldi Püha Maarja ja Aegidienbergi Rahukogudus) ja Hollandi (Eindhoven) sõpruskogudustega.

Viljandi linna ja kihelkonna elanike vaimuliku teenimise mitmekülgsemaks ja sujuvamaks korraldamiseks sõlmiti 29. 06. 2011 koostöölepe Viljandi Jaani ja Viljandi Pauluse koguduste vahel. Kahe koguduse koostöös on korraldatud ühiseid jumalateenistusi, koolitusi (sh leerikursused) ning ettevõtmisi lastele ja peredele.