Praostkonna nõukogu on praostile abiks praostkonna töö korraldamisel. Selle liikmed on  lisaks praost Marko Tiitusele, abipraost Markus Haamer ja kolm sinodi valitud ilmikliiget. Sinod valis 22. aprillil 2013 praostkonna nõukogu koosseisu EELK Kõpu koguduse esindaja Taivo Lehemetsa, EELK Viljandi Jaani koguduse esindaja Tarmo  Looduse ja Viljandi valla juhi Ene Saare. Praostkonna nõukogu peab aastas 3-4 koosolekut.