EELK Viljandi praostkonnas on 14 kogudust. Omavalitsuste kaupa jaotuvad kogudused järgnevalt

●      Mulgi vald:     Halliste Püha Anna kogudus,  Karksi Peetri kogudus ja  Mõisaküla kogudus

●      Viljandi vald:    Kolga-Jaani Ristija Johannese kogudus, Paistu Maarja kogudus ja Tarvastu Peetri kogudus

●      Põhja-Sakala vald:  Kõpu Peetri kogudus,  Pilistvere Andrease kogudus ja Suure-Jaani Ristija Johannese kogudus 

●          Viljandi linnas paiknevad Viljandi Jaani kogudus ja Viljandi Pauluse kogudus

Kaks kogudust teenivad Valga maakonna Tõrva valla:

●          Helme Maarja kogudus ja Taagepera Jaani kogudus 

Jõgeva maakonna Põltsamaa valla aladel tegutseb  praostkonna suurim kogudus:

●          Põltsamaa Niguliste kogudus